Film Wonder Park bercerita tentang June, seorang gadis kecil dengan imajinasi luar biasa yang sejak kecil menciptakan taman hiburan ajaib bernama Wonderland bersama ibunya. Dalam bayangannya, taman tersebut dihuni oleh hewan-hewan unik yang menjalankan berbagai wahana seru dan penuh keajaiban.

Namun, kebahagiaan itu perlahan memudar ketika ibunya jatuh sakit. June yang kehilangan semangat mulai menjauh dari imajinasinya sendiri, bahkan membakar cetak biru Wonderland karena merasa putus asa. Sejak saat itu, ia menjadi lebih tertutup dan tidak lagi percaya pada dunia ajaib yang dulu ia ciptakan.

Suatu hari, dalam perjalanan ke perkemahan, June justru tersesat dan menemukan Wonderland yang nyata, namun dalam kondisi rusak dan penuh kekacauan. Taman tersebut kini diselimuti oleh "Kegelapan", sebuah kekuatan misterius yang menghancurkan segalanya, sementara para hewan penjaganya berjuang mempertahankan sisa-sisa keajaiban yang ada.

Dalam petualangannya, June bertemu kembali dengan para penghuni taman, termasuk Peanut, pemimpin yang kini kehilangan arah karena tak lagi mendengar "suara" imajinasi. Dari situ, June mulai menyadari bahwa Kegelapan yang menghancurkan Wonderland ternyata berasal dari dirinya sendiri, dari rasa takut, sedih, dan kehilangan harapan setelah ibunya sakit.

Awalnya, June merasa bersalah dan kehilangan kepercayaan diri. Namun, perlahan ia memahami bahwa imajinasi bukanlah sesuatu yang harus ditinggalkan saat menghadapi kenyataan pahit. Dengan keberanian, ia mulai memperbaiki wahana dan menghidupkan kembali harapan yang sempat hilang.

Bersama teman-temannya, June berusaha menyelamatkan Peanut dan mengembalikan Wonderland seperti semula. Dalam momen penuh ketegangan, June berhasil mengalahkan Kegelapan dengan kembali mempercayai kekuatan imajinasinya.

Pada akhirnya, Wonderland kembali hidup dan penuh warna. June pun kembali ke dunia nyata dengan sudut pandang baru, bahwa harapan dan imajinasi bisa berjalan berdampingan dengan kenyataan.

Ia kemudian menemukan kebahagiaan ketika ibunya pulih, dan bersama-sama mereka kembali membangun Wonderland, bukan hanya sebagai khayalan, tetapi sebagai simbol cinta, harapan, dan kekuatan untuk bangkit.