Film aksi thriller mata-mata Yaksha: Ruthless Operations menghadirkan permainan spionase penuh intrik, pengkhianatan, dan aksi brutal di tengah operasi rahasia internasional.

Cerita berpusat pada Han Ji-hoon, seorang jaksa ambisius dari Kantor Kejaksaan Distrik Pusat Seoul yang gagal menuntut ketua Sangin Group, Lee Chan-young. Akibat kegagalan tersebut, ia diturunkan jabatan dan dipindahkan ke divisi bantuan hukum NIS (Badan Intelijen Nasional Korea Selatan).

Tak lama kemudian, Ji-hoon mendapat tugas untuk memeriksa cabang rahasia NIS di Shenyang, China, markas operasi intelijen tingkat tinggi yang fokus pada kontra-intelijen Korea Utara. Di sana, ia bertemu Tim Hitam yang dipimpin Ji Kang-in, agen lapangan brutal berjuluk "Yaksha". Tim tersebut beroperasi dengan kedok agen perjalanan.

Awalnya Ji-hoon kesulitan beradaptasi dengan metode kasar Kang-in. Ia bahkan dijebak dalam kasus prostitusi dan narkoba sebagai "tes" kemampuan bertahan hidup. Setelah lolos, Ji-hoon resmi bergabung dalam operasi berbahaya untuk menyelamatkan Moon Byung-uk, pejabat penting Korea Utara yang ingin membelot sambil membawa rahasia besar soal dana gelap keluarga Kim.

Namun misi berubah kacau ketika banyak pihak memburu Moon demi informasi rahasianya. Tim Hitam hanya berhasil menyelamatkan putri Moon, Ju- yeon. Saat situasi makin rumit, mereka justru dijebak atas kasus pembunuhan dan penculikan oleh Yoshinobu Ozawa, sosok misterius yang ternyata bermain di balik layar.

Diburu otoritas China dan kehilangan markas, Tim Hitam harus bergerak sembunyi-sembunyi demi menyelamatkan Ju-yeon dan mengungkap daftar agen ganda yang dimiliki Ozawa. Ji-hoon dan Kang-in akhirnya bekerja sama menjalankan rencana berisiko tinggi untuk menjatuhkan Ozawa sekaligus membongkar pengkhianatan di tubuh intelijen sendiri.

Operasi itu berakhir dengan kematian Ozawa dan penangkapan Direktur Yeom yang ternyata terlibat dalam konspirasi. Ji-hoon kembali ke posisinya sebagai jaksa dan berhasil menuntaskan kasus ketua Sangin Group. Sementara itu, Kang-in menghubunginya lagi untuk misi baru yang lebih berbahaya di London bersama anggota Tim Hitam lainnya.