Film aksi thriller Yodha menghadirkan kisah penuh ketegangan tentang pengkhianatan, terorisme, dan perjuangan seorang tentara untuk membersihkan namanya.

Cerita berpusat pada Arun Katyal, putra mendiang Mayor Surender Katyal, pendiri gugus tugas elite Yodha. Setelah ayahnya gugur, Arun melanjutkan warisan tersebut sebagai komando para yang terlatih dalam operasi darat, laut, dan udara. Ia hidup bersama istrinya, Priya, seorang perwira intelijen, serta ibunya. Di medan tugas, Arun dikenal berani dan selalu didukung rekannya, Sameer Khan.

Namun hidup Arun berubah drastis saat sebuah misi pengamanan ilmuwan nuklir, Dr. Anuj Nair, berujung bencana. Pesawat yang mereka tumpangi dibajak kelompok teroris Lashkar-e- Taiba. Meski berusaha melawan, Arun gagal menyelamatkan Nair dan malah dikeluarkan dari pesawat oleh teroris. Pemerintah India kemudian menskors gugus tugas Yodha dan menyalahkan Arun atas kegagalan tersebut. Situasi makin buruk ketika Priya mengakui pelanggaran prosedur yang dilakukan Arun demi penyelidikan resmi, membuat hubungan mereka retak. Arun pun dicap pengkhianat oleh publik.

Beberapa tahun kemudian, Arun secara misterius diarahkan naik ke penerbangan lain dan mulai mencurigai adanya pembajakan baru. Saat mencoba menghentikan ancaman, ia justru dijebak. Terungkap bahwa pramugari bernama Laila Khalid adalah dalang utama pembajakan bersama saudaranya, Ahmed. Mereka bagian dari kelompok separatis Kashmir. Dalam pertempuran sengit di udara, Arun berhasil mengalahkan keduanya, sementara penumpang bernama Tanya membantu mengendalikan pesawat.

Di saat bersamaan, media Pakistan memberitakan bahwa seorang perwira India membajak pesawat untuk menyerang KTT Perdamaian India-Pakistan, membuat nama Arun kembali tercemar. Dalang sebenarnya ternyata adalah Rafiq alias Jalal, teroris lama yang ingin menggagalkan perdamaian demi mempertahankan konflik di Kashmir sebagai "bisnis".

Jalal menyandera Kepala Negara India dan Priya di kantor kepresidenan Pakistan. Arun pun berpacu dengan waktu untuk menyelamatkan mereka sekaligus mencegah serangan besar. Dalam aksi penuh ledakan dan baku tembak, Arun berhasil menerobos markas teroris, melindungi Priya, dan menghadapi Jalal dalam duel terakhir yang brutal.

Setelah pertarungan sengit, Arun berhasil membunuh Jalal dan menggagalkan rencana teror. Aksinya membuat namanya dipulihkan. Di akhir cerita, pemerintah India resmi mengaktifkan kembali gugus tugas Yodha dan memberikan penghargaan atas keberanian Arun.