Babel punya empat alur cerita utama dengan tokoh-tokoh yang kelihatannya nggak saling nyambung. Ceritanya juga disajikan nggak berurutan alias nonlinier. Tapi pelan-pelan, penonton bakal diajak sadar kalau semua kisah ini ternyata saling terhubung.

Di gurun Maroko, Abdullah, seorang penggembala kambing, membeli senapan dari tetangganya untuk melindungi ternaknya dari serangan serigala. Senapan itu lalu ia berikan kepada dua putranya yang masih kecil, Yussef dan Ahmed, dan menyuruh mereka menggembalakan kambing.

Karena penasaran seberapa jauh jangkauan senapan tersebut, kedua bocah itu nekat mencobanya dengan menembak batu dan kendaraan yang melintas di jalan raya.

Tanpa mereka sadari, satu tembakan Yussef justru mengenai sebuah bus wisata dan melukai parah seorang perempuan Amerika yang sedang liburan bersama suaminya.

Panik, Yussef dan Ahmed kabur dan menyembunyikan senapan di perbukitan. Lewat siaran berita TV, insiden ini dianggap pemerintah Amerika Serikat sebagai aksi terorisme, sehingga Maroko ditekan untuk segera menangkap pelakunya.

Abdullah yang mendengar kabar itu langsung curiga dan memaksa anak-anaknya mengaku. Setelah kebenaran terungkap, mereka bertiga mencoba melarikan diri, tapi akhirnya dikepung polisi di lereng bukit berbatu.

Tembakan pun dilepaskan. Ahmed tertembak di kaki, lalu Yussef membalas tembakan dan mengenai bahu seorang polisi. Polisi terus menembak hingga Ahmed kembali terkena peluru di punggung dan terluka parah.

Yussef akhirnya menyerah, mengakui perbuatannya, dan memohon pertolongan medis. Polisi pun tersentak saat menyadari bahwa 'pelaku teror' yang mereka kejar hanyalah anak-anak.