Film drama romantis Be with You menghadirkan kisah mengharukan tentang cinta, kehilangan, dan keajaiban yang datang di saat tak terduga.

Cerita berfokus pada Woo Jin (So Ji Sub), seorang ayah muda yang harus membesarkan putranya, Ji Ho (Kim Ji Hwan), sendirian setelah sang istri tercinta, Soo Ah (Son Ye Jin), meninggal dunia. Meski masih diliputi duka, Woo Jin selalu berusaha menjadi ayah yang baik dan penuh perhatian bagi Ji Ho.

Suatu hari, Ji Ho membaca buku dongeng anak-anak yang ditulis oleh ibunya sebelum meninggal. Buku tersebut bercerita tentang keluarga penguin, di mana sang ibu yang menghilang akan kembali menemui anaknya saat musim hujan tiba. Sejak saat itu, Ji Ho percaya bahwa ibunya juga akan kembali ketika musim hujan datang.

Setahun kemudian, saat musim hujan benar-benar tiba, Ji Ho dengan penuh harapan pergi ke sebuah stasiun kereta tua yang sudah lama tidak digunakan. Ia yakin di sanalah ibunya akan menepati janji untuk kembali. Woo Jin yang melihat semangat putranya hanya bisa terdiam. Ia tak tega menghancurkan harapan Ji Ho dengan mengatakan bahwa ibunya tidak akan pernah kembali.

Namun sesuatu yang tak terduga terjadi. Saat berada di sebuah terowongan rel kereta, Woo Jin dan Ji Ho menemukan seorang wanita yang pingsan. Ketika mereka mendekat, mereka terkejut karena wanita itu adalah Soo Ah, istri Woo Jin sekaligus ibu Ji Ho yang sudah meninggal.

Ji Ho tentu sangat bahagia melihat ibunya kembali. Namun Woo Jin justru diliputi rasa takut, mengira wanita itu hanyalah arwah yang kembali. Meski begitu, demi kebahagiaan Ji Ho, ia membawa Soo Ah pulang ke rumah.

Keanehan mulai terasa ketika Soo Ah sadar. Ia tidak mengingat apa pun tentang kehidupannya sebelumnya, termasuk tentang Woo Jin dan Ji Ho. Wanita itu benar-benar kehilangan semua kenangan masa lalunya, membuat Woo Jin harus menghadapi kenyataan pahit antara harapan, cinta, dan kemungkinan kehilangan untuk kedua kalinya.