Film Costao mengangkat kisah Costao Fernandes (diperankan Nawazuddin Siddiqui), seorang petugas bea cukai di Goa pada era 1990-an. Dedikasinya terhadap penegakan hukum membawanya membongkar jaringan penyelundupan emas. Berbekal sebuah informasi rahasia, ia menelusuri para pelaku hingga dalam situasi pembelaan diri, Costao terpaksa membunuh Peter yang mencoba kabur membawa emas selundupan.

Masalah pun semakin rumit karena Peter ternyata adalah saudara dari seorang politisi yang kemudian memenangkan pemilu daerah. Dengan kekuasaannya, sang politisi menggunakan aparat negara untuk menjatuhkan Costao dan menyeretnya ke dalam proses hukum yang tidak adil.

Alur cerita mengikuti perjuangan Costao dalam mengungkap sindikat penyelundupan tersebut, sambil menghadapi berbagai tekanan pribadi dan profesional. Upayanya menegakkan keadilan memicu konflik besar dengan jaringan kriminal, hingga berujung pada rangkaian peristiwa menegangkan. Setelah sempat divonis bersalah di dua pengadilan tingkat bawah, Mahkamah Agung akhirnya memenangkan kasus Costao.