Film aksi-komedi Hitman: Agent Jun menghadirkan kisah unik tentang mantan agen rahasia yang justru membuka identitasnya sendiri lewat komik webtoon.

Cerita mengikuti Jun, seorang seniman webtoon yang juga bekerja di proyek konstruksi. Ia sering kesal karena komik buatannya dianggap tidak cukup seru oleh para pembaca. Suatu malam saat mabuk, Jun menggambar webtoon tentang seorang agen rahasia dengan cerita penuh aksi. Tanpa diduga, komik tersebut langsung viral dan sukses besar. Keluarga Jun pun akhirnya bisa keluar dari kehidupan sulit mereka. Namun, masalah muncul ketika terungkap bahwa cerita dalam webtoon itu sebenarnya diambil dari masa lalu Jun sebagai agen rahasia sungguhan.

Di masa lalu, Jun adalah seorang yatim piatu dengan bakat luar biasa dalam bertarung dan menggambar. Ia direkrut oleh badan intelijen Korea, NIS, dan menjadi agen elit yang dikenal sebagai pembunuh tangguh. Meski menjalani misi berbahaya, Jun tetap menyimpan mimpi menjadi seniman webtoon. Demi mewujudkan impiannya, ia memalsukan kematiannya dengan melompat dari helikopter saat badai dan menghilang dari dunia agen rahasia.

Bertahun- tahun kemudian, kehidupan barunya terancam ketika NIS menyadari bahwa cerita dalam webtoon Jun mengungkap operasi rahasia mereka. Mereka pun menemukan bahwa Jun sebenarnya masih hidup dan mulai menginterogasinya. Situasi makin rumit ketika seorang musuh lama bernama Jason muncul dan menculik istri Jun, menuntut agar mantan atasan mereka, Kepala Cheon, diserahkan kepadanya.

Di tengah kekacauan tersebut, putri Jun juga sempat ditangkap oleh agen NIS. Untungnya, mantan rekan Jun, Cheol, membantu melarikan diri dan bergabung dengannya. Bersama Kepala Cheon, mereka akhirnya menyadari bahwa Jason hanya ingin membalas dendam atas kematian saudaranya yang dulu tewas dalam operasi mereka.

Jun, Cheol, dan Kepala Cheon kemudian melacak markas Jason dan menghadapi pertarungan terakhir. Setelah pertempuran sengit, Jason dan kelompoknya berhasil dikalahkan. Jun akhirnya terbukti tidak bersalah dan bisa kembali hidup tenang bersama keluarganya. Ia pun melanjutkan mimpinya sebagai komikus dengan mulai menulis episode baru dari webtoon yang terinspirasi dari kehidupannya sendiri.