Kandahar membuka kisahnya lewat Tom Harris, Roman Chalmers, Mohammad Mo Doud, Luna Cujai, dan Kolonel Farzad Asadi sebagai karakter kunci dalam thriller aksi penuh intrik geopolitik. Kita diajak mengikuti Tom Harris, seorang agen lepas penyamaran yang bekerja untuk CIA dengan misi berbahaya menyusup ke fasilitas riset nuklir rahasia Iran. Menggunakan identitas sebagai teknisi lapangan dari kontraktor komunikasi asal Swiss, Tom berhasil menyusupkan malware ke sistem fasilitas tersebut. Aksi sabotase itu berjalan mulus dan berujung pada kehancuran fasilitas, sekaligus menggagalkan upaya Iran untuk mengembangkan lebih banyak senjata nuklir.

Di sisi lain, pemerintah Iran diam diam memantau jurnalis Inggris bernama Luna Cujai. Ia mendapatkan bukti dari seorang whistleblower terkait operasi sabotase CIA terhadap program nuklir Iran. Tak lama setelah fasilitas nuklir hancur, Luna diculik agen Iran di bawah komando Kolonel Farzad Asadi. Dalam interogasi, Luna mengungkap kecurigaannya bahwa kehancuran fasilitas berkaitan dengan kontraktor Swiss, karena proyek mereka selalu berdekatan dengan lokasi pemerintah. Informasi itu mempersempit lingkaran buruan Iran. Keesokan harinya, identitas Tom dan rekannya Oliver terbongkar, dan Oliver tewas ditembak Pasukan Khusus Iran, meninggalkan Tom sendirian di wilayah musuh.

Tom melarikan diri dari Iran dengan rencana menuju London melalui Dubai. Namun, setibanya di Dubai, penerbangannya tertunda secara misterius. Di sela waktu itu, Tom menemui handler CIA-nya, Roman Chalmers. Roman adalah mualaf yang hidup dengan kedok sosialita Dubai, gaya hidup yang diam diam ia benci. Roman mengakui sengaja menunda penerbangan Tom demi memaksanya bertemu. Dalam pertemuan tersebut, Roman menawarkan kontrak CIA bernilai besar untuk misi baru di Herat, Afghanistan, yang akhirnya diterima Tom.

Masalah kembali muncul begitu Tom tiba di Herat. Akibat kebocoran intelijen, media internasional menyebut nama Tom sebagai dalang di balik kehancuran fasilitas nuklir Iran. Penyamaran Tom runtuh, dan misi di Herat langsung dibatalkan. Roman kemudian memerintahkan Tom dan penerjemah Afghan Amerika-nya, Mohammad Mo Doud, menuju titik ekstraksi di Kandahar. Sementara itu, Farzad dan dinas keamanan Pakistan ikut memburu Tom. Pihak Pakistan berniat menangkap dan menjual Tom kepada penawar tertinggi.