Kill Boksoon membuka kisah gelap penuh aksi yang dibintangi Jeon Do Yeon, Sol Kyung Gu, Kim Si A, Esom, dan Koo Kyo Hwan. Film ini menyajikan potret kehidupan seorang pembunuh bayaran legendaris yang harus menyeimbangkan dunia kekerasan profesional dengan peran paling rapuh dalam hidupnya sebagai seorang ibu.

Cerita dimulai dengan adegan dingin di sebuah jembatan. Seorang pria tergeletak setengah telanjang sambil memeluk bantal, kebingungan menyadari dirinya bukan berada di kamar hotel. Gil Bok soon muncul dan membangunkannya. Pria itu adalah Shinichiro Oda, yakuza generasi kedua berdarah Korea Jepang. Oda mempertanyakan mengapa Bok soon belum juga menghabisinya. Percakapan mereka berubah menjadi duel yang aneh. Bok soon mengingat putrinya, Jae young, yang pernah mengkritik keras praktik korupsi dan persaingan tidak adil. Demi memberi kesempatan yang adil, Bok soon membiarkan Oda menyiapkan senjatanya. Namun saat pertarungan dimulai, ia justru melanggar aturan yang ia buat sendiri dan menembak Oda di tengah duel. Meski Oda memakinya dalam bahasa Korea, Bok soon tetap mengakhiri hidupnya tanpa ragu.

Sepulang dari misi, Bok soon kembali ke rutinitas domestik yang sunyi. Saat mencuci pakaian, ia menemukan rokok di saku baju Jae young. Temuan kecil ini memicu trauma masa lalu tentang ayahnya yang keras dan kejam, yang pernah memaksanya memakan rokok sebagai hukuman. Bok soon memilih merokok sendiri dalam diam dan tidak mampu menegur putrinya ketika Jae young pulang ke rumah.

Di sisi lain, direktur agensi pembunuh bayaran, Min kyu, memberinya kontrak baru dan membiarkannya memilih target luar negeri atau domestik. Karena khawatir pada kondisi Jae young, Bok soon memilih pekerjaan lokal. Targetnya adalah calon perdana menteri yang memalsukan kematian anaknya sebagai kasus bunuh diri demi menutupi skandal penerimaan mahasiswa. Setelah mengetahui kebenaran dan melihat rasa bersalah serta duka sang target, Bok soon memutuskan untuk tidak membunuhnya dan melaporkan misi tersebut sebagai kegagalan.

Keputusan ini menimbulkan kecurigaan Min kyu, namun Bok soon tetap bersikeras bahwa misi itu gagal, dibantu kesaksian magangnya, Young ji. Ketegangan semakin meningkat ketika Jae young terlibat kasus serius di sekolah setelah menusuk teman sekelasnya, Chul woo, dengan gunting. Semua pihak memilih bungkam, membuat Jae young terancam dikeluarkan. Dalam percakapan jujur dengan ibunya, Jae young mengungkap bahwa dirinya seorang lesbian. Ia menjelaskan bahwa penusukan itu terjadi setelah Chul woo merekam dirinya dan pacarnya, So ra, secara diam diam lalu memeras mereka. Saat Chul woo mengejek hubungan mereka, kemarahan Jae young pun meledak.