Film animasi Jepang ini mengangkat kisah hangat sekaligus magis tentang Kun, seorang anak laki-laki berusia empat tahun yang hidup bersama orang tuanya di rumah unik di Yokohama. Hidup Kun awalnya terasa sempurna, ia bermain bersama anjing kesayangannya, Yukko, dan menikmati dunia kecilnya sendiri. Namun semuanya berubah saat adik perempuannya lahir dan diberi nama Mirai, yang berarti "masa depan".

Kehadiran Mirai membuat Kun merasa tersisih. Perhatian orang tua yang kini terbagi membuatnya cemburu dan sering mengamuk. Dalam pelariannya ke taman rumah, Kun mulai mengalami kejadian aneh: ia bertemu sosok-sosok misterius, termasuk "pangeran" yang ternyata adalah Yukko dalam wujud manusia, hingga gadis remaja yang mengaku sebagai Mirai dari masa depan. Dari pertemuan-pertemuan ini, Kun perlahan mulai memahami perasaan orang lain.

Perjalanan waktu Kun tidak berhenti di situ. Ia juga bertemu ibunya saat masih kecil, dan menyaksikan bagaimana ibunya dulu juga keras kepala seperti dirinya. Bahkan, Kun bertemu kakek buyutnya di masa lalu yang mengajarkannya keberanian, pengalaman yang membantunya belajar mengendarai sepeda di dunia nyata. Setiap perjalanan membawa pelajaran emosional yang membentuk cara pandangnya terhadap keluarga.

Konflik memuncak saat Kun tersesat di dunia yang menyerupai stasiun kereta misterius. Di sana, ia hampir kehilangan arah dan identitasnya sendiri. Namun dalam momen genting, Kun akhirnya menerima perannya sebagai kakak dan mengakui cintanya pada Mirai. Kesadaran ini menjadi titik balik yang mengubah sikapnya.

Di akhir cerita, Kun kembali ke rumah dengan perspektif baru. Ia mulai menerima keluarganya apa adanya, memahami bahwa setiap anggota memiliki cerita dan perjuangan masing-masing. "Mirai" bukan hanya tentang perjalanan waktu, tapi juga perjalanan emosional seorang anak dalam memahami arti keluarga dan tumbuh dewasa.