Film anime prekuel Mobile Suit Gundam: The Origin III – Dawn of Rebellion melanjutkan kisah awal munculnya konflik besar antara Zeon dan Federasi Bumi. Cerita dimulai setelah terjadi masalah keamanan di sebuah bandara luar angkasa. Petugas menemukan senjata antik di dalam koper milik Char Aznable.

Untuk menghindari kecurigaan, Char dan temannya, Edouard Mass, menukar pakaian mereka. Char kemudian menaiki pesawat yang seharusnya ditumpangi Edouard.

Namun pesawat tersebut ternyata disabotase oleh pasukan Principality of Zeon dan akhirnya hancur. Dengan peristiwa itu, Edouard dianggap telah tewas.

Memanfaatkan situasi tersebut, meskipun harus mengorbankan identitas temannya, ia kemudian mengambil identitas Char dan memulai hidup baru sebagai kadet militer Zeon. Selama masa pelatihan militer, Char menjalin persahabatan dengan seorang kadet muda bernama Garma Zabi, putra dari keluarga penguasa Zeon.

Dua tahun kemudian, ketegangan politik meningkat ketika sebuah kapal milik Earth Federation melanggar perintah dari pengendali lalu lintas Zeon. Kapal tersebut secara tidak sengaja menabrak dan menghancurkan blok pertanian di koloni luar angkasa.

Insiden itu memicu kemarahan para kolonis Zeon dan memicu pemberontakan terbuka terhadap Federasi. Melihat peluang tersebut, Char meyakinkan Garma untuk memimpin rekan-rekan kadet mereka melakukan serangan malam yang berani terhadap garnisun Federasi setempat.

Serangan itu berhasil mengejutkan pasukan lawan dan membuat mereka kewalahan hingga akhirnya menyerah. Di sisi lain, pemimpin Zeon Gihren Zabi memerintahkan penghentian proyek pengembangan Mobile Suit karena dianggap tidak menunjukkan kemajuan berarti.

Namun ilmuwan terkenal Torenov Y. Minovsky berhasil meyakinkannya untuk melanjutkan proyek tersebut setelah menemukan terobosan teknologi penting.

Sementara itu di lokasi lain, seorang anak laki-laki bernama Amuro Ray tiba di koloni luar angkasa Side 7 bersama ayahnya, sebuah kedatangan yang kelak akan berperan penting dalam sejarah konflik besar di masa depan.