Film Nikita Roy mengikuti sosok Nikita Roy, penulis terkenal sekaligus rasionalis yang berbasis di London. Ia merupakan anggota International Rationalist Committee (IRC) dan dikenal karena kerap membongkar mitos, takhayul, serta praktik para 'guru spiritual' palsu. Kakaknya, Sanal Roy, yang juga mentor sekaligus sesama rasionalis, tengah menyelidiki seorang guru spiritual berpengaruh bernama Amar Dev.

Namun, Sanal tiba-tiba menghilang saat menyelidiki kultus milik Amar Dev, 'Tru Faith Foundation'. Ia kemudian ditemukan tewas, dan polisi menyimpulkan itu sebagai bunuh diri. Nikita menolak mempercayai hal tersebut, karena yakin kakaknya yang logis tak mungkin mengakhiri hidupnya sendiri. Ia pun menduga Amar Dev berada di balik kematian itu demi menutupi rahasianya.

Nikita melanjutkan penyelidikan sang kakak dengan bantuan mantan kekasihnya, Jolly. Amar Dev digambarkan sebagai sosok tenang namun mengintimidasi, yang mengklaim mampu menyembuhkan orang dengan 'menyerap kegelapan' mereka. Saat dikonfrontasi, Amar Dev menantang Nikita untuk membuktikan bahwa dirinya penipu dalam waktu tertentu, jika gagal, Nikita harus menanggung konsekuensinya.

Semakin dalam menyelidiki, keyakinan Nikita pada logika mulai goyah. Ia mengalami berbagai kejadian tak masuk akal seperti penampakan kakaknya, suara-suara misterius, dan bayangan menyeramkan. Ia juga bertemu Freya, seorang informan yang pernah menyusup ke dalam kultus, namun Freya tiba-tiba bunuh diri secara mengerikan di hadapan mereka, seolah dipengaruhi 'kutukan'.

Pada klimaks cerita, Nikita menghadapi Amar Dev di ashram miliknya. Terungkap bahwa Sanal tidak sekadar tewas, tetapi dihancurkan secara psikologis oleh metode manipulasi Amar Dev. Nikita pun perlahan terjebak dalam ilusi dan distorsi realitas yang sama.

Saat ia mencoba mengungkap 'Book of Darkness' yang menjadi rahasia kultus, justru kegelapan, rasa takut dan irasionalitas, menguasainya seperti yang terjadi pada sang kakak. Film ini ditutup dengan gagasan mengerikan bahwa keyakinan, atau manipulasi atasnya, bisa jauh lebih kuat daripada logika.