Film romantis Perahu Kertas menghadirkan kisah cinta yang manis sekaligus penuh lika-liku antara dua jiwa yang dipertemukan oleh mimpi dan takdir.

Cerita berpusat pada Kugy (Maudy Ayunda), gadis tomboy yang ceria dan unik. Ia punya kebiasaan menulis isi hatinya di kertas lalu melipatnya menjadi perahu dan menghanyutkannya ke air, seolah berbicara dengan Dewa Neptunus. Di balik sifatnya yang santai, Kugy sebenarnya memiliki pemikiran yang dalam dan filosofis tentang hidup.

Di sisi lain, ada Keenan (Adipati Dolken), pemuda berbakat dalam melukis yang justru dipaksa ayahnya kuliah di jurusan ekonomi. Pertemuan mereka dipertemukan oleh Noni (Sylvia Fully R), sahabat Kugy, dan Eko (Fauzan Smith), sepupu Keenan. Dari kebersamaan itu, Kugy dan Keenan diam-diam saling jatuh cinta.

Namun, hubungan mereka tak berjalan mulus. Berbagai keadaan membuat keduanya menjauh, bahkan persahabatan Kugy dan Noni sempat retak karena kesalahpahaman. Keenan memilih pergi untuk mencari jati diri sebagai pelukis dengan berguru pada Pak Wayan. Di sana, ia kembali menemukan semangat berkarya berkat dukungan Luhde, hingga karya-karyanya mulai dilirik kolektor, termasuk Remi.

Sementara itu, Kugy berusaha bangkit dan fokus pada masa depannya. Setelah lulus, ia bekerja di biro iklan milik Remi dan menunjukkan performa yang mengesankan. Di tengah perjalanan masing-masing, Kugy dan Keenan harus menghadapi kenyataan bahwa cinta mereka diuji oleh waktu, jarak, dan pilihan hidup.