Plankton: The Movie dibintangi oleh Mr. Lawrence, Jill Talley, Tom Kenny, Bill Fagerbakke, Rodger Bumpass, Carolyn Lawrence, Clancy Brown, Mary Jo Catlett, dan Lori Alan sebagai pengisi suara. KLovers, film ini menghadirkan petualangan kocak sekaligus penuh drama ala Bikini Bottom, dengan fokus utama pada Plankton yang kembali gagal mencuri resep rahasia Krabby Patty.

Namun kali ini, kisahnya jadi jauh lebih heboh karena rumah sekaligus restorannya, Chum Bucket, berubah total saat Karen, sang istri komputer, membuat tempat itu jadi restoran bertema Meksiko yang justru sukses besar.

Alih-alih senang, Plankton malah merusaknya karena merasa semua itu tidak sesuai dengan ambisi jahat versinya. Di titik inilah konflik besar dimulai, karena Karen yang kecewa memilih mencopot Empathy chip dari dirinya dan berubah menjadi mech raksasa yang siap membangun benteng udara untuk menguasai dunia tanpa Plankton.

Di tengah kekacauan ini, Plankton mulai panik dan meminta bantuan SpongeBob. Dengan alat hipnosis, SpongeBob mencoba membuat Plankton lebih memahami Karen.

Lewat kilas balik, kita diajak melihat sisi masa kecil Plankton yang ternyata menciptakan Karen dari sebuah kalkulator yang terhubung dengan kentang di petri dish. Karen berkembang menjadi sosok yang ia andalkan selama kuliah di Bikini State University, tempat mereka merancang freeze ray untuk rencana dominasi dunia.

Sayangnya, rencana itu bubar setelah mereka dilempar kembali ke laut oleh anak manusia di pantai. Dari insiden ini terungkap pula alasan kenapa Plankton begitu terobsesi dengan resep Krabby Patty, yaitu karena ia pernah salah dengar Mr. Krabs yang bercanda bahwa resep itulah kunci untuk menguasai dunia.

Petualangan semakin seru ketika Plankton dan SpongeBob kembali ke kampus untuk mencari bagian tubuh asli Karen. Plankton bahkan membangun mech baru dari komponen tersebut untuk melawan Karen versi raksasa.

Namun upaya itu gagal total karena Karen justru menggabungkan mech tersebut ke tubuhnya sendiri. Melihat Plankton masih tidak mau bertanggung jawab, SpongeBob membawanya ke Gal Pals, yaitu Sandy, Pearl, dan Mrs.

Puff. Mereka memasang kembali Empathy chip Karen ke otak Plankton, membuatnya akhirnya memiliki pencerahan. Bersama para Gal Pals, mereka merencanakan infiltrasi ke kapal udara Karen demi menghentikan ambisi gila sang istri komputer.