Sonic kini tinggal bersama keluarga Wachowski dan berusaha menjadi pahlawan vigilante yang membantu masyarakat. Namun, usahanya sering gagal karena sifatnya yang ceroboh dan gegabah.

Saat sedang memancing, Tom menasihati Sonic agar bersabar hingga tiba waktunya kekuatannya benar-benar dibutuhkan. Tak lama setelah itu, Tom dan Maddie berangkat ke Hawaii untuk menghadiri pernikahan adik Maddie, Rachel, dan meninggalkan Sonic menjaga rumah selama akhir pekan.

Ketika sedang sendirian di rumah, Sonic tiba-tiba diserang oleh musuh lamanya, Dr. Robotnik, yang berhasil melarikan diri dari planet jamur tempat ia dibuang. Kali ini, Robotnik datang bersama Knuckles, seorang prajurit echidna.

Knuckles menuntut Sonic untuk memberitahukan lokasi Master Emerald, sebuah artefak legendaris yang konon mampu memberikan kekuatan tertinggi dan memungkinkan penggunanya mengubah realitas sesuai keinginannya. Ia ingin menemukan batu tersebut demi mengembalikan kehormatan para leluhurnya.

Di saat genting itu, Sonic diselamatkan oleh Miles 'Tails' Prower, seekor rubah muda berekor dua yang sangat mengaguminya. Tails datang untuk memperingatkan Sonic tentang ancaman dari Knuckles dan bahaya besar yang akan segera datang.