Berlatar di kampus fiktif St. Vincent College di Delhi, kisah The Bhootnii berpusat pada legenda 'Virgin Tree', sebuah pohon yang dipercaya mampu mengabulkan cinta sejati bagi siapa pun yang berdoa di bawahnya pada Hari Valentine.

Namun, di balik mitos romantis tersebut, setiap perayaan Holika Dahan selalu diwarnai tragedi, seorang mahasiswa tewas secara misterius, dengan jiwanya diyakini direnggut oleh arwah pendendam.

Shantanu, yang tengah patah hati usai putus cinta, mencari pelipur lara di bawah Virgin Tree sambil berharap menemukan cinta sejati. Tanpa disadari, doanya justru membangkitkan Mohabbat, sosok hantu yang langsung terobsesi padanya.

Seiring perasaan itu berubah menjadi posesif, Mohabbat mulai meneror siapa saja yang dianggap menghalangi hubungannya dengan Shantanu, memicu serangkaian kejadian mistis yang mencekam di lingkungan kampus.

Untuk mengatasi kekacauan supranatural tersebut, pihak kampus memanggil Baba, seorang para-fisikawan berpengalaman sekaligus alumni kampus. Dengan berbagai alat unik dan metode tak biasa, Baba mulai menyelidiki misteri tersebut hingga akhirnya mengungkap masa lalu tragis Mohabbat serta keterkaitannya dengan kampus.