The Missing membuka kisah dengan nuansa ganjil dan gelap, mengikuti Eric sebagai karakter utama bersama Carlo, Rosalinda, Rogelio, dan Precy yang membentuk lingkaran emosional cerita. The Missing membawa kita ke kehidupan Eric, seorang animator yang bekerja lembur malam hari dan hidup dengan kondisi unik karena ia tidak memiliki mulut. Di studio animasi, Eric membantu rekan kerjanya, Carlo, menyelesaikan revisi animasi. Seusai kerja, Carlo mengajak Eric pulang bersama sambil menawarkan makanan drive thru. Namun perjalanan mereka berubah arah ketika Eric menerima telepon dari ibunya, Rosalinda, yang memintanya mengecek kondisi pamannya, Rogelio.

The Missing mulai terasa mencekam saat Eric dan Carlo tiba di rumah Rogelio dan menemukan sang paman telah meninggal dunia selama beberapa hari. Temuan itu memicu serangan panik pada Eric. Carlo pergi mencari bantuan, meninggalkan Eric sendirian di rumah tersebut. Dalam kondisi rentan itulah sesuatu yang tak masuk akal terjadi. Eric diculik oleh sebuah pesawat alien dan dibawa oleh makhluk asing yang mengaku telah lama mencarinya, ingin menyelesaikan sesuatu yang pernah mereka mulai. Eric berhasil melarikan diri, lalu terbangun keesokan paginya di sebuah jalan, seolah semua kejadian itu hanya mimpi. Carlo dan Rosalinda pun tidak mengetahui apa yang sebenarnya terjadi.

The Missing kemudian berkembang menjadi rangkaian pengalaman traumatis yang terus berulang. Setiap kali alien mencoba menculik Eric, ingatannya tentang masa kecil kembali menghantuinya. Ia teringat percakapannya dengan sepupunya, Precy, tentang cerita alien yang menculik anak-anak untuk eksperimen. Kenangan lain memperlihatkan momen intim bersama Rogelio di kamar mandi, serta situasi canggung ketika Eric kecil bertanya pada Rosalinda, di hadapan Rogelio, tentang arti "jerking off". Bersamaan dengan kilas balik tersebut, Eric mulai kehilangan bagian tubuhnya satu per satu, mulai dari mata kiri, telinga kanan, hingga bagian tubuh lain yang membuat kondisi fisik dan mentalnya semakin rapuh.

The Missing memperlihatkan dampak teror ini pada kehidupan sehari-hari Eric. Suatu hari, Carlo datang ke rumahnya untuk menonton film bersama. Saat Carlo keluar membeli camilan, Eric kembali diculik alien. Ia terbangun keesokan paginya di apartemennya yang porak poranda. Ketika pintu diketuk, Carlo berdiri di sana dalam keadaan marah dan kecewa, lalu pergi meninggalkan Eric tanpa penjelasan lebih lanjut.