The Mother dibintangi Jennifer Lopez sebagai The Mother, Joseph Fiennes sebagai Adrian Lovell, Gael García Bernal sebagai Hector Alvarez, Omari Hardwick sebagai Agen FBI William Cruise, Lucy Paez sebagai Zoe, Jesse Garcia sebagai Tarantula, serta Paul Raci sebagai Jons. KLovers langsung diseret ke dunia gelap operasi militer dan perdagangan senjata saat The Mother, seorang agen militer Amerika Serikat tanpa nama, berperan sebagai perantara transaksi senjata antara Lovell dan Alvarez. Hubungan profesional itu berkembang menjadi relasi romantis yang rumit, hingga ia menyadari dirinya hamil dan menemukan fakta mengerikan bahwa dua pria tersebut terlibat jaringan perdagangan anak.

Kesadaran itu mendorong The Mother mengambil langkah berbahaya dengan menjadi informan FBI. Di sebuah safe house, ia menjalani interogasi bersama William Cruise, namun situasi berubah menjadi mimpi buruk ketika Lovell menyerbu lokasi. Tembakan berhamburan, para agen FBI tewas, dan Cruise terluka parah. Dalam kondisi terdesak, The Mother menyelamatkan nyawa Cruise dan menyusun bom dengan pengatur waktu. Konfrontasi brutal terjadi di kamar mandi saat Lovell menusuk perutnya sebelum akhirnya terjebak dalam ledakan yang melahap bangunan.

The Mother selamat dan melahirkan seorang bayi perempuan secara prematur. Namun ancaman belum berakhir. Eleanor Williams dari badan intelijen memberi tahu bahwa jasad Lovell menghilang dan bayi itu harus ditempatkan di keluarga asuh demi keselamatan. Dengan hati hancur, ia melepaskan hak asuh, menyadari hidupnya yang penuh bayang bayang tak akan pernah aman bagi sang anak. Sebelum menghilang, ia menetapkan tiga syarat pada Cruise, anak itu harus hidup normal, ia menerima foto ulang tahun setiap tahun, dan ia harus dihubungi jika nyawanya terancam.

Tahun tahun berlalu hingga The Mother mengasingkan diri di kabin terpencil Alaska bersama Jons, rekan lamanya di militer. Dua belas tahun kemudian, Cruise memanggilnya ke Ohio dengan kabar buruk. Sebuah penggerebekan ATF di Meksiko menemukan foto Zoe, menandakan jaringan lama mulai menelusuri jejaknya. Kecurigaan berubah nyata saat Zoe diculik di taman. The Mother menyadari penculikan itu bukan soal uang, melainkan umpan untuk memancing dirinya keluar.