World Breaker dibuka dengan adegan pertempuran di masa kini yang menampilkan pasukan tentara perempuan. Mereka bersenjata api dan pedang, bersiap menghadapi monster mengerikan bernama "breakers" yang muncul dari celah bawah tanah yang disebut "stitch". Saat musuh semakin mendekat dan pertempuran pecah, adegan tiba-tiba berpindah ke sebuah kabin. Di sanalah terungkap bahwa semua kejadian tadi hanyalah sebuah cerita yang diceritakan seorang ayah kepada putrinya, Willa. Fakta lain yang terungkap, pemimpin pasukan perempuan dalam cerita tersebut adalah ibu Willa.

Cerita berlanjut dengan pengungkapan bahwa breakers bisa mengubah pria menjadi "hybrids" hanya dengan cakaran atau gigitan. Akibatnya, sebagian besar pria tewas atau berubah, dan para perempuan yang tersisa kini memimpin perlawanan melawan breakers. Makhluk ini berukuran besar dengan banyak kaki. Peluru hanya mampu memperlambat mereka, sementara cara paling efektif untuk membunuhnya adalah dengan memenggal kepala, yang menjelaskan kenapa pedang jadi senjata utama.

Setelah sebuah serangan breakers menghancurkan desa mereka, Willa dan ayahnya melarikan diri menggunakan perahu menuju sebuah pulau terpencil. Di sana, mereka bertahan hidup sendirian. Setahun kemudian, saat bermain di laguna, Willa melihat seorang gadis berlari di pantai. Willa memperingatkannya tepat sebelum gadis itu masuk ke area ladang ranjau, lalu mencoba membawanya ke kabin, namun gadis tersebut menolak karena ketakutan.

Willa akhirnya membawa gadis itu ke sebuah gua terdekat dan membuat tempat berlindung sementara. Gadis itu memperkenalkan diri sebagai Rosie dan menceritakan tentang kakaknya yang menghilang. Rosie memohon agar keberadaannya di pulau itu dirahasiakan, dan Willa pun menyanggupi. Sejak saat itu, Willa diam-diam merawat Rosie, membawakan makanan, dan berbagi cerita-cerita ayahnya.

Suatu hari, saat latihan bertahan hidup, Willa secara tak sengaja melukai ayahnya hingga pingsan. Setelah sadar, sang ayah menilai Willa sudah siap bertahan sendiri dan menyerahkan pedangnya kepada Willa. Namun saat kembali ke gua, Willa mendapati tempat persembunyian Rosie berantakan dan Rosie menghilang. Tak lama kemudian, Willa menemukan Rosie dalam kondisi membungkuk, pakaiannya robek, dengan bekas luka aneh di punggungnya.

Ketika Rosie menoleh, terungkap bahwa ia telah berubah menjadi salah satu monster. Rosie menjerit keras dan menyerang Willa. Keduanya sempat bergumul hingga ayah Willa datang dan membunuh Rosie. Menyadari jeritan tersebut adalah panggilan bagi makhluk lain, Willa dan ayahnya segera bergegas ke bagian selatan pulau, tempat sebuah perahu telah disiapkan jika mereka harus melarikan diri.