After Everything membuka kisahnya dengan menempatkan Hardin Scott yang diperankan Hero Fiennes Tiffin dan Tessa Young yang dimainkan Josephine Langford sebagai pusat dari konflik emosional yang belum selesai. Film ini melanjutkan perjalanan Hardin setahun setelah Tessa memutuskan hubungan mereka usai menemukan naskah novel After yang ternyata mengangkat kisah cinta pribadi mereka. Meski sukses besar, karya itu justru meninggalkan luka mendalam bagi Hardin yang masih terjebak dalam rasa kehilangan. Penerbitnya, Katherine, mendesak Hardin untuk segera menulis lanjutan novel sebelum akhir tahun, namun kondisi mentalnya yang rapuh membuat proses kreatifnya buntu.

Hardin berusaha melarikan diri dari rasa sepi dengan mengikuti ajakan Katherine untuk pergi ke klub malam. Namun alih-alih bersenang-senang, pikirannya terus dipenuhi kilas balik tentang Tessa. Malam itu berakhir kacau ketika Hardin minum berlebihan hingga tak sadarkan diri. Keesokan harinya, ia makan siang bersama ibu dan ayah kandungnya, di mana ia kembali ditegur karena kebiasaan buruknya dan ketidakmampuannya untuk move on. Hardin mengakui bahwa Tessa adalah alasan hidup sekaligus sumber inspirasinya, sehingga kepergiannya membuatnya kehilangan arah.

Sang ibu kemudian menyarankan agar Hardin berdamai dengan masa lalu dan menyebut nama Natalie, sosok dari masa mudanya yang kini tinggal di Lisbon. Saran itu mendorong Hardin terbang ke Portugal untuk menemui Natalie dan meminta maaf atas kesalahan lamanya. Pertemuan mereka di toko gaun pengantin tempat Natalie bekerja memicu kilas balik kelam. Dulu, Hardin pernah bertaruh dalam permainan poker untuk menggoda Natalie demi memenangkan jam tangan mahal, bahkan merekamnya sebagai bukti. Video tersebut kemudian bocor dan viral, menghancurkan reputasi Natalie.

Akibat kejadian itu, Natalie pindah ke Lisbon untuk menghindari tekanan publik dan harus mengubur mimpinya melanjutkan kuliah. Dalam upaya saling memahami, mereka mulai menghabiskan waktu bersama. Natalie mengajak Hardin bertemu teman-temannya di pantai, termasuk Sebastian yang sejak awal mencurigainya. Di sana, Hardin didorong melakukan cliff diving, sebuah pengalaman ekstrem yang seolah mencerminkan kondisi batinnya yang penuh risiko.

Keesokan harinya, Hardin dan Natalie berlayar bersama. Hardin akhirnya menceritakan perpisahannya dengan Tessa dan menyadari kesamaan antara dua kisah tersebut. Baik Natalie maupun Tessa sama-sama terluka karena kehidupan pribadi mereka diumbar ke publik tanpa persetujuan. Kesadaran ini menjadi titik refleksi bagi Hardin tentang pola kesalahan yang terus ia ulangi. Namun konflik kembali memuncak ketika Sebastian dan teman-temannya memukuli Hardin akibat kesalahpahaman di pantai, menutup perjalanan emosional ini dengan konsekuensi nyata atas masa lalunya.