Film Aruna & Lidahnya mengikuti perjalanan Dian Sastrowardoyo sebagai Aruna Rai, seorang ahli wabah yang juga punya passion besar di dunia kuliner. Ia mendapat tugas dari kantornya untuk menyelidiki kasus flu burung di beberapa daerah di Indonesia.

Nggak sendirian, Aruna ditemani dua sahabatnya, Bono (Nicholas Saputra), seorang chef yang lagi berburu resep autentik Indonesia, dan Nadezhda (Hannah Al Rashid), kritikus kuliner yang sedang mengumpulkan bahan untuk bukunya. Perjalanan mereka pun jadi perpaduan antara investigasi serius dan wisata kuliner yang menggoda.

Mereka menjelajahi berbagai kota seperti Surabaya, Pamekasan, Pontianak, hingga Singkawang. Di Surabaya, Aruna bertemu kembali dengan Farish (Oka Antara), mantan rekan kerja yang diam-diam masih menyimpan perasaan di hati Aruna. Kebetulan, Farish juga sedang menangani kasus yang sama.

Seiring perjalanan, Aruna mulai mencium kejanggalan dalam penyelidikan yang ia lakukan. Di tengah konflik batin soal perasaannya terhadap Farish yang belum tuntas, ia juga harus menghadapi fakta mengejutkan di balik kasus flu burung tersebut.

Ternyata, wabah yang selama ini diselidiki hanyalah rekayasa oknum pejabat untuk menguras dana kesehatan lewat praktik korupsi. Dengan keberanian dan kecerdasannya, Aruna akhirnya berhasil membongkar skandal besar ini, sekaligus menyelesaikan urusan hatinya dengan Farish.