Guardians of the Galaxy Vol. 3 dimulai dengan kehidupan baru para Guardian yang kini bermarkas di Knowhere, tempat yang mereka bangun kembali setelah berbagai pertempuran panjang. Namun, kedamaian mereka tak berlangsung lama.

Sebuah sosok kuat bernama Adam Warlock, makhluk ciptaan High Priestess Ayesha dari ras Sovereign, tiba-tiba menyerang Knowhere dengan kekuatan luar biasa. Ia dikirim untuk membalas dendam karena Ayesha merasa Guardian telah mempermalukan bangsanya. Dalam serangan brutal itu, Rocket terluka parah dan nyaris tewas, sementara Adam akhirnya ditusuk oleh Nebula dan terpaksa kabur dalam keadaan sekarat.

Para Guardian panik karena luka Rocket tak bisa disembuhkan dengan med-pack biasa, sebab di tubuhnya tertanam sistem pengaman mematikan yang dipasang oleh organisasi misterius bernama Orgocorp. Tanpa pilihan lain, mereka berangkat menuju markas Orgocorp untuk mencari kode pembatal yang dapat menonaktifkan sistem itu dan menyelamatkan nyawa sahabat mereka.