Knights of the Zodiac membuka kisahnya lewat Seiya yang diperankan Mackenyu, seorang yatim piatu jalanan yang hidup dari satu pertarungan ke pertarungan lain demi mencari adiknya, Patricia. Knights of the Zodiac juga menghadirkan Madison Iseman sebagai Sienna Kido, Sean Bean sebagai Alman Kido, Famke Janssen sebagai Vander Guraad, Diego Tinoco sebagai Nero the Phoenix Knight, dan Nick Stahl sebagai Cassios. Cerita dimulai saat Seiya terlibat duel brutal melawan Cassios di arena bawah tanah, hingga sebuah cahaya biru misterius tiba-tiba meledak dari tubuhnya dan mengubah segalanya.

Knights of the Zodiac kemudian membawa kita pada pertemuan Seiya dengan Alman Kido dan Docrates. Kido memperingatkan bahwa mantan istrinya, Vander Guraad, tengah memburu Seiya. Tidak lama setelah itu, para prajurit Guraad menculik Docrates dan mengejar Seiya. Bersama Kido dan Mylock, asisten setia Kido, Seiya sempat melarikan diri sebelum akhirnya pingsan. Dalam kondisi tak sadarkan diri, Seiya kembali mengingat momen traumatis saat Patricia diculik, sebelum akhirnya terbangun di markas rahasia Kido.

Knights of the Zodiac mulai membuka lapisan mitologinya ketika Kido mengungkap fakta besar. Putri angkatnya, Sienna Kido, adalah reinkarnasi Dewi Athena, dan Seiya ditakdirkan menjadi Pegasus Knight, prajurit pelindung Athena. Patricia mengetahui takdir ini dan mengorbankan dirinya untuk melindungi Seiya. Demi menghadapi ancaman yang terus datang, Kido meminta Seiya berlatih di bawah bimbingan Marin sang Eagle Knight agar bisa mengendalikan Cosmo dan menemukan Patricia.

Knights of the Zodiac memperlihatkan dinamika menarik antara Seiya dan Sienna yang perlahan saling mengenal. Sienna bahkan meyakinkan Seiya untuk menjalani pelatihan berat bersama Marin di pegunungan terpencil. Awalnya, Seiya kesulitan mengendalikan Cosmo miliknya, tetapi kegigihan dan latihan keras perlahan membuahkan hasil. Di sisi lain, Cassios memilih jalan gelap dengan menerima tawaran Vander Guraad untuk menjadi prajurit prototipe demi membalas dendam pada Seiya.

Knights of the Zodiac mencapai konflik emosional ketika Sienna mendapat penglihatan mengerikan tentang dirinya sebagai Athena yang menghancurkan armor Seiya dan membawa kehancuran besar. Sementara itu, Seiya akhirnya berhasil membangkitkan Cosmo sepenuhnya. Armor Pegasus terbuka melalui liontin miliknya, namun ikatan dengan armor tersebut memunculkan visi mengejutkan bahwa Kido berada di tempat yang sama saat Patricia dibawa oleh Guraad.