Film Maa dibuka dengan suasana ritual Kali Puja di sebuah rumah leluhur di desa fiktif Chandrapur, Benggala Barat. Seorang wanita melahirkan bayi laki-laki saat ritual berlangsung, sebelum bidan mengungkapkan bahwa ia sebenarnya melahirkan anak kembar.

Upacara dipimpin oleh seorang perempuan yang dipercaya mendapat wahyu dari Dewi Kali melalui mimpi. Ketika bayi kedua lahir dan diketahui berjenis kelamin perempuan, ayahnya, keturunan keluarga zamindar, membawa bayi itu untuk dijadikan korban ritual, meski sang ibu menolak.

Namun, pemimpin ritual menolak pengorbanan tersebut karena merasa Dewi Kali tidak menghendakinya. Dalam situasi itu, Joydev justru merebut pedang dan secara sepihak mengorbankan bayi perempuan tersebut.

Empat puluh tahun kemudian, Ambika hidup bahagia di Kolkata bersama suaminya Shubankar dan putri mereka yang berusia 12 tahun, Shweta. Terungkap bahwa Shubankar adalah bayi laki-laki yang lahir saat ritual tersebut. Ia masih menyimpan rahasia masa lalu keluarganya.

Suatu hari, Joydev yang kini telah tua dan menjadi kepala desa, memberi kabar bahwa ayah Shubankar telah meninggal. Shubankar pun kembali ke Chandrapur untuk mengurus kremasi dan berniat menjual rumah leluhur.

Namun, dalam perjalanan pulang ke Kolkata, Shubankar tewas secara misterius ketika mobilnya terbakar, diduga akibat serpihan akar pohon angker di dekat rumah leluhur yang tersangkut di sepatunya. Diliputi duka, Ambika dan Shweta pergi ke Chandrapur untuk menyelesaikan penjualan properti. Di sana, Shweta berteman dengan Deepika, anak penjaga rumah, dan bersikeras mengunjungi pohon angker di belakang rumah yang konon dihuni makhluk gaib.

Meski diperingatkan, mereka tetap mendekat. Tak lama kemudian, terungkap bahwa Deepika baru saja mengalami menstruasi pertamanya. Seiring itu, muncul kejadian aneh, sejumlah gadis desa yang mengalami hal serupa tiba-tiba menghilang, namun kembali dalam keadaan selamat.

Kejadian misterius ini membuat Ambika menunda rencananya dan memilih menyelidiki. Ia dibantu oleh seorang polisi bernama Sarfaraz yang meragukan keberadaan makhluk gaib dan percaya ada penjelasan lain di balik semua kejadian tersebut.