Saat kapal White Base berlabuh di Las Palmas, Kapten Bright Noa mendapat perintah dari Laksamana Gopp untuk membersihkan sisa-sisa pasukan Zeon di Pulau Alegranza, Kepulauan Canary. Misi ini penting demi mengamankan jalur armada yang hendak menuju Gibraltar. Untuk itu, Amuro Ray bersama Kai Shiden dan Hayato Kobayashi dikirim menjalankan operasi tersebut.

Namun, misi tidak berjalan mulus. Kai diserang lemparan batu saat mengendarai Guncannon, sementara Amuro disergap oleh sebuah Zaku misterius hingga terjatuh dari tebing dan kehilangan kontak dengan White Base.

Keesokan harinya, Amuro terbangun di sebuah mercusuar dan bertemu Cucuruz Doan, mantan pilot elit Zeon yang membelot. Doan kini hidup menyendiri di pulau itu demi melindungi anak-anak yatim yang ia rawat. Sambil membantu aktivitas sehari-hari mereka, Amuro juga berusaha mencari Gundam miliknya yang hilang.

Di sisi lain, komandan Zeon, M'Quve, mengancam akan melancarkan serangan nuklir jika Federation tidak menghentikan pergerakan militernya menuju Gibraltar. Ancaman ini membuat rekan-rekan lama Doan datang ke pulau tersebut untuk mengaktifkan kembali sistem peluncur misil.

Sementara itu, para petinggi di White Base menerima perintah dari Jenderal Revil untuk melakukan pengisian ulang logistik di Belfast. Namun, Bright sengaja menunda keberangkatan dengan alasan kerusakan mesin, demi memberi waktu untuk menyelamatkan Amuro.

Tim penyelamat yang dipimpin Sleggar Law akhirnya tiba di pulau dan terlibat bentrokan dengan unit Southern Cross milik Doan. Di tengah konflik tersebut, Amuro menemukan Gundam miliknya yang ternyata disembunyikan di markas Zeon bawah tanah di pulau itu. Ia juga mengetahui bahwa Doan diam-diam telah merusak sistem peluncur misil demi melindungi anak-anak yang ia jaga dari ancaman perang.